Действие Prototype 2 происходит спустя 14 месяцев после событий первого эпизода. Нью-Йорк всё ещё страдает от эпидемии вируса Blacklight, превращающего инфицированных в жутких мутантов. Человек (вернее, уже давно не человек), с которого и начался весь этот кошмар, Алекс Мерсер, обрёл ужасающие по мощи способности. Он представляет постоянную угрозу как для жителей, так и для членов организации Blackwatch, чей спецназ “железным кулаком” наводит порядок в Нью-Йорке.
Солдат по имени Джеймс Хеллер жаждет убить Мерсера, так как тот стал причиной смерти его семьи. Однако Алекс инфицирует Хеллера, что даёт тому абсолютно идентичные по силе сверхспособности. Далее перед нами разворачивается кровавый конфликт между Мерсером и Хеллером, в который оказывается втянут не только город с его обитателями, но и бойцы Blackwatch, а также армия США.
Prototype 2 → Брифинг
